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2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。
2005年1月，1岁多的申聪在增城的出租屋内被人抢走，当时，正在做饭的晓莉被人捆绑并蒙上了头，等到挣脱时，儿子申聪已经不见。后来，晓莉患上了精神分裂症，而申军良为了寻找儿子，辞去了工作，常年奔波在寻子路上。
记者调查发现，这种“一拿到项目就有钱、没有项目收入很低”的现象在大部分主要依靠国家财政支持的科研机构很普遍，因为财政每年一次性提供的基本事业运营经费“只能保底”。比如在高能所，这笔钱主要用于“给员工发基本工资、基础的基建和修缮、水电支付等”。王贻芳说，高能所基本是靠竞争性经费活下来的，从研究所（课题组）的科研经费来看，竞争性经费占比几乎是100%。
对于申军良来说，这一刻来得有些太突然了。当天上午8点钟，他还与张维平的家属约了在广州增城见面，他希望了解亲属最后会面的内容，看看有没有“梅姨”或尚未找到的3名被拐孩子的消息。
该所长称，在一个科研单位缺乏自主权的体制下，研究所像一个大卖场，课题组只是借这个平台挂靠一下，然后从项目经费里拿出一部分给所里交“租金”。庄辞打了个更形象的比方：“科学家变成了雇佣军。”
作为所长，王晓东不会对科研人员进行任何干预，各实验室主任拥有绝对研究自主权和人才招聘自主权，在头5年，每个实验室都能均等从所里获得200万元/年的匹配经费，课题组负责人无须为了经费而申请任何项目或争任何“帽子”，团队的博士生工资也由研究所承担。